食品科学与工程学科共包括四个二级学科方向，即水产品加工及贮藏工程、食品科学、农产品加工及贮藏工程、食品质量与安全。食品科学与工程学位授权点目前共有三个专业招收硕士研究生：水产品加工及贮藏工程、食品科学、农产品加工及贮藏工程。其中水产品加工及贮藏工程专业于2000年开始招生，食品科学专业于2007年开始招生，农产品加工及贮藏工程专业于2012年开始招生。食品质量与安全为2007新增设的学科方向，将于2019年开始招生。

水产品加工及贮藏工程：该研究领域主要以海藻、鱼类等的加工特性、贮藏过程变化规律等基础研究，海藻和低值鱼精深加工技术和高效利用，保鲜技术等为主要研究内容。经过近二十年的发展，建立了辽宁省水产品加工及综合利用重点实验室和国家海藻加工技术研发分中心研究开发平台，已形成了海藻精深加工与高效综合利用技术研究领域的特色，在海藻精深加工与高效利用，低值鱼蛋白的高值化加工利用技术领域处全国领先地位，丰富了水产品加工的基础理论，建立了新的加工技术，推动了海藻等加工产业的发展，培养了大批海藻、低值鱼开发领域的高级技术人才。

食品科学：该研究领域主要研究海洋药源生物活性物质的组成、结构及特性，在蛋白质组和代谢组水平上解析其重要功能和作用机制，利用生物化学手段和制备分离技术进行生物活性物质的分离、纯化及产品开发与应用。针对海产品副产物的综合利用，开展了胶原蛋白制备、提取与纯化研究及产品开发。在海洋糖结合蛋白和胶原蛋白等方面形成了鲜明的特色，培养了一批精技术、懂开发高素质人才。

农产品加工及贮藏工程：该领域主要围绕产业需要，以低附加值农产品及加工副产物，以现代生物技术、食品加工技术为手段，结合营养学知识，开展精深加工技术和产品开发研究，最大限度地提高产品的价值。在猪血、雪莲果及刺梨精深加工领域形成一定的研究特色，猪血肽制备技术在国内有一定的影响力。

食品质量与安全：该研究领域围绕贝类、鱼类捕后、加工及贮藏过程中的品质特征和安全特性，及贝类、海参的传统加工技术升级及品质提升开展研究，以建立水产品加工过程中的营养保持、质量和安全控制技术，为水产品加工、贮藏、高效开发利用提供理论依据，提升食品品质和附加值，保证食品质量和安全。在贝类捕后品质控制、传统加工技术升级、高值化产品开发领域形成了一定的特色和优势，培养了一批品质控制与安全管理的高级技术人才。