食品工程学院现有校级重点学科水产品加工及贮藏工程；另有食品科学学科。

水产品加工及贮藏工程学科

    共有四个研究方向：即水生生物资源利用；水产食品科学；水产品贮藏工程；食品质量与安全。

    水生生物资源利用主要以 现代生物化学和生物技术等方法提取、分离和利用水生生物资源的营养成分和生理活性物质为主攻方向。除供食用以外，还可提供医药、保健以及其它生活和工业利用产品，主要开发利用和未充分利用的水产经济动植物资源，未开发的水生生物资源以及各种水产加工废水； 水产食品科学主要以水产品生产原料的生物化学、营养学及流变学等特性及其在加工、贮藏过程中的变化，为高效利用提供科学依据，进一步掌握水产生物原料的各种基本特性，根据其特性来考虑利用途径，将有助于有效、合理地利用水产生物资源，促进我国 渔业的可持续发展； 水产品贮藏工程是研究合理有效的保鲜、保藏技术，避免资源浪费，解决我国人口增长和食物资源短缺的矛盾，冷藏技术在保持食品质量、打破季节和地区限制等方面发挥重要作用。食品质量与安全主要研究 水产品加工及流通各环节中质量与安全控制技术，研究水产品养殖过程安全生产技术以及种、养殖环境对食品原料安全性的影响。

食品科学学科

    食品科学学科主要研究方向为“食品化学与营养”以及“食品质量与安全”研究方向。食品化学与营养研究方向主要研究（包括原料）成分特性、营养价值、功能性成分及作用以及其产生的化学变化。食品质量与安全研究方向主要以化学、生物学、食品微生物学、食品分析与检验、仪器分析技术等学科为基础，借助于现代物理、化学检测手段，分析并研究食物原料、辅料、加工成品及食品链中食品的质量与安全性。依靠先进科技技术，促进水产品生产从数量型向质量型转变；加强水产品从原料、捕捞、养殖、生产、加工、包装、消费流通等环节中的质量与安全问题研究，为生产加工企业提供必要的理论依据和技术指导，提高水产品的食用价值。